Immuunijärjestelmä on elimistön puolustusmekanismi, joka tunnistaa taudinaiheuttajat (bakteerit, virukset) ja pitää ne loitolla. Hiv heikentää immuunijärjestelmää, jolloin yleiset taudinaiheuttajat voivat aiheuttaa tulehduksia ja sairauksia. Hiv-lääkitys vahvistaa immuunijärjestelmää.