Alle medisiner har en virkning og en eller flere bivirkninger. Slik er det også med anti-HIV medisiner. De holder HIV-infeksjonen under kontroll, men de kan også ha uønskede bivirkninger. De fleste bivirkninger skyldes at kroppen trenger litt tid for å venne seg til de nye medisinene. Etter noen uker vil disse bivirkningene forsvinne.