Para além de manter a infecção pelo VIH controlada, os medicamentos anti-retrovirais podem afectar o organismo de outras formas. Qualquer efeito não previsto é designado por “efeito secundário”. Os efeitos secundários mais comuns são causados pela adaptação do organismo a um novo medicamento. Após poucas semanas, estes efeitos secundários geralmente desaparecem.