También es difícil de determinar si algunos fármacos en concreto tienen más probabilidades de causar pérdida de grasa o aumento.

No obstante, sabemos que algunos inhibidores de la proteasa provocan cambios en el procesamiento de grasas y azúcares en el organismo cuando se administran a personas sin VIH. Esto muestra que en las personas con VIH, son los fármacos, y no sólo la infección o los efectos de los fármacos sobre el sistema inmunitario, los que contribuyen al problema.

Dos importantes estudios mostraron que se producían mayores pérdidas de grasa en personas tratadas con d4T en comparación con las que tomaron AZT. Sin embargo, tras 80 semanas, las personas tratadas con AZT también perdieron grasa. Se produjeron cambios corporales con mayor frecuencia en pacientes tratados con d4T en comparación con los tratados con tenofovir, según un tercer estudio que ha realizado seguimiento de los pacientes durante dos años.

No está claro de qué forma influyen en el problema los análogos de nucleósido (ITIN), como AZT, d4T, 3TC, abacavir y ddI. Sin embargo, la pérdida de grasa se ha visto en una tasa inferior en personas que sólo tomaron dos análogos de nucleósido sin inhibidor de la proteasa, que tomaron un inhibidor de la proteasa y un inhibidor de la transcriptasa inversa no nucleósido sin ITIN, y en personas que tomaron inhibidores de la proteasa sin otros fármacos.

En otras palabras, parece que las situaciones que tienen más probabilidades de provocar lipodistrofia son tomar inhibidores de la proteasa y nucleósidos conjuntamente.

También es posible que los efectos particulares de los fármacos usados en terapia combinada amplifiquen un problema que podría estar provocado por la recuperación del sistema inmunitario después de un largo período de supresión. Se han observado similares alteraciones de las grasas y los azúcares, así como aumento de peso en niños y jóvenes seronegativos sometidos a trasplante de médula y que posteriomente se recuperaron.